五四运动对蔡元培本人的影响也很大，运动前后他在观念和言行的许多方面也有不小的变化。
如果说，五四之前的蔡元培是以“囊括大典网罗众家”
为口号，表面上对新旧不偏不倚而实则维新的话，那么五四之后的蔡元培则非常旗帜鲜明地站在新的一方，并与旧势力摊牌了。
如1919年3月，蔡元培在答林纾对北大“尽废古文，专用白话”
的诘难时，费了很多篇幅，举了许多实例，详证北大并没有“尽废”
和“专用”
。
也就是说，对古文和白话的优劣却并未表示态度。
而到了运动之后的11月，他在公开演讲中则历数白话文的种种好处，并断言白话文将来“一定占优胜”
。
他于1920年4月1日发表《洪水与猛兽》一文。
“我以为用洪水来比新思潮，很有几分相像。
他的来势很勇猛，把旧日的习惯冲破了，总有一部的人感受痛苦；仿佛水源太旺，旧有的河槽，不能容受他，就泛滥岸上，把田庐都扫荡了。
对付洪水，要是如鲧的用湮法，便愈湮愈决，不可收拾。
所以禹改用导法，这些水归了江河，不但无害，反有灌溉之利了。
对付新思潮，也要舍湮法，用导法，让他自由发展，定是有利无害的。”
至于猛兽，恰好作军阀，“孟氏引公明似的话：‘庵有肥肉，厩有肥马，民有饥色，野有饿莩，此率兽而食人也。
’现在军阀的要人，都有几百万、几千万的家产，奢侈的了不得，别种好好作工的人，穷的饿死，这不是率兽食人的样子么?现在天津、北京的军人，受了要人的指使，乱打爱国的青年，岂不明明是猛兽的派头么……
“所以中国现在的状况，可算是洪水与猛兽竞争。
要是有人能把猛兽驯伏了，来帮同疏导洪水，那中国就立刻太平了。”
把“洪水”
比作新思潮，把“猛兽”
比作军阀政客，“对付新思潮，也要舍湮法，用导法，让他自由发展，定是有利无害的”
。
如此鲜明的言论，他在五四之前也是不多见的。
五四运动也鼓舞了蔡元培。
他在五四之后，非但没有停下对北大改革的步伐，而是借助五四运动的东风，或者深化已有的改革，或者发起新的改革，使得五四运动的成果在北大的改革中得以延续。
其中一个重要的举措是继续完善“教授治校”
制度。
鉴于运动期间因其辞职而引起的动荡，蔡元培切身感受到将全部校务系于校长一人的危害，他复职后多次强调：“无论何人来任校长，都不能任意办事。”
返校伊始，他便提出要完善校内管理体制，使之不能因那一个校长的去留而影响学校的正常运转。
当年11月，他主持制定《国立北京大学内部组织试行章程》，提高教授在学校管理中的权重，进一步突出“教授治校”
。
提出组织行政会议和各专门委员会，负责日常校务。
进校不久的蒋梦麟受命通盘规划，具体实施。
这位美国哥伦比亚大学毕业的教育学博士负责组设总务、教务两个职能部门，并聘请各系教授充任财政等专门委员会，使北大的
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